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#------------------------------------------------------------------------------
# $File: bioinformatics,v 1.5 2019/04/19 00:42:27 christos Exp $
# bioinfomatics: file(1) magic for Bioinfomatics file formats
###############################################################################
# BGZF (Blocked GNU Zip Format) - gzip compatible, but also indexable
# used by SAMtools bgzip/tabix (http://samtools.sourceforge.net/tabix.shtml)
###############################################################################
0 string \037\213
>3 byte &0x04
>>12 string BC
>>>14 leshort &0x02 Blocked GNU Zip Format (BGZF; gzip compatible)
>>>>16 leshort x \b, block length %d
!:mime application/x-gzip
###############################################################################
# Tabix index file
# used by SAMtools bgzip/tabix (http://samtools.sourceforge.net/tabix.shtml)
###############################################################################
0 string TBI\1 SAMtools TBI (Tabix index format)
>0x04 lelong =1 \b, with %d reference sequence
>0x04 lelong >1 \b, with %d reference sequences
>0x08 lelong &0x10000 \b, using half-closed-half-open coordinates (BED style)
>0x08 lelong ^0x10000
>>0x08 lelong =0 \b, using closed and one based coordinates (GFF style)
>>0x08 lelong =1 \b, using SAM format
>>0x08 lelong =2 \b, using VCF format
>0x0c lelong x \b, sequence name column: %d
>0x10 lelong x \b, region start column: %d
>0x08 lelong =0
>>0x14 lelong x \b, region end column: %d
>0x18 byte x \b, comment character: %c
>0x1c lelong x \b, skip line count: %d
###############################################################################
# BAM (Binary Sequence Alignment/Map format)
# used by SAMtools (http://samtools.sourceforge.net/SAM1.pdf)
# data is normally present only within compressed BGZF blocks (CDATA), so use file -z to examine it
###############################################################################
0 string BAM\1 SAMtools BAM (Binary Sequence Alignment/Map)
>0x04 lelong >0
>>&0x00 regex =^[@]HD\t.*VN: \b, with SAM header
>>>&0 regex =[0-9.]+ \b version %s
>>&(0x04) lelong >0 \b, with %d reference sequences
###############################################################################
# BAI (BAM indexing format)
# used by SAMtools (http://samtools.sourceforge.net/SAM1.pdf)
###############################################################################
0 string BAI\1 SAMtools BAI (BAM indexing format)
>0x04 lelong >0 \b, with %d reference sequences
###############################################################################
# CRAM (Binary Sequence Alignment/Map format)
###############################################################################
0 string CRAM CRAM
>0x04 byte >-1 version %d.
>0x05 byte >-1 \b%d
>0x06 string >\0 (identified as %s)
###############################################################################
# BCF (Binary Call Format), version 1
# used by SAMtools & VCFtools (http://vcftools.sourceforge.net/bcf.pdf)
# data is normally present only within compressed BGZF blocks (CDATA), so use file -z to examine it
###############################################################################
0 string BCF\4
# length of seqnm data in bytes is positive
>&0x00 lelong >0
# length of smpl data in bytes is positive
>>&(&-0x04) lelong >0 SAMtools BCF (Binary Call Format)
# length of meta in bytes
>>>&(&-0x04) lelong >0
# have meta text string
>>>>&0x00 search ##samtoolsVersion=
>>>>>&0x00 string x \b, generated by SAMtools version %s
###############################################################################
# BCF (Binary Call Format), version 2.1
# used by SAMtools (https://samtools.github.io/hts-specs/BCFv2_qref.pdf)
# data is normally present only within compressed BGZF blocks (CDATA), so use file -z to examine it
###############################################################################
0 string BCF\2\1 Binary Call Format (BCF) version 2.1
# length of header text
>&0x00 lelong >0
# have header string
>>&0x00 search ##samtoolsVersion=
>>>&0x00 string x \b, generated by SAMtools version %s
###############################################################################
# BCF (Binary Call Format), version 2.2
# used by SAMtools (https://samtools.github.io/hts-specs/BCFv2_qref.pdf)
# data is normally present only within compressed BGZF blocks (CDATA), so use file -z to examine it
###############################################################################
0 string BCF\2\2 Binary Call Format (BCF) version 2.2
# length of header text
>&0x00 lelong >0
# have header string
>>&0x00 search ##samtoolsVersion=
>>>&0x00 string x \b, generated by SAMtools version %s
###############################################################################
# VCF (Variant Call Format)
# used by VCFtools (http://vcftools.sourceforge.net/)
###############################################################################
0 search ##fileformat=VCFv Variant Call Format (VCF)
>&0 string x \b version %s
###############################################################################
# FASTQ
# used by MAQ (http://maq.sourceforge.net/fastq.shtml)
###############################################################################
# XXX Broken?
# @<seqname>
#0 regex =^@[A-Za-z0-9_.:-]+\?\n
# <seq>
#>&1 regex =^[A-Za-z\n.~]++
# +[<seqname>]
#>>&1 regex =^[A-Za-z0-9_.:-]*\?\n
# <qual>
#>>>&1 regex =^[!-~\n]+\n FASTQ
###############################################################################
# FASTA
# used by FASTA (https://fasta.bioch.virginia.edu/fasta_www2/fasta_guide.pdf)
###############################################################################
#0 byte 0x3e
# q>0 regex =^[>][!-~\t\ ]+$
# Amino Acid codes: [A-IK-Z*-]+
#>>1 regex !=[!-'Jj;:=?@^`|~\\] FASTA
# IUPAC codes/gaps: [ACGTURYKMSWBDHVNX-]+
# not in IUPAC codes/gaps: [EFIJLOPQZ]
#>>>1 regex !=[EFIJLOPQZefijlopqz] \b, with IUPAC nucleotide codes
#>>>1 regex =^[EFIJLOPQZefijlopqz]+$ \b, with Amino Acid codes
###############################################################################
# SAM (Sequence Alignment/Map format)
# used by SAMtools (http://samtools.sourceforge.net/SAM1.pdf)
###############################################################################
# Short-cut version to recognise SAM files with (optional) header at beginning
###############################################################################
0 string @HD\t
>4 search VN: Sequence Alignment/Map (SAM), with header
>>&0 regex [0-9.]+ \b version %s
###############################################################################
# Longer version to recognise SAM alignment lines using (many) regexes
###############################################################################
# SAM Alignment QNAME
0 regex =^[!-?A-~]{1,255}(\t[^\t]+){11}
# SAM Alignment FLAG
>0 regex =^([^\t]+\t){1}[0-9]{1,5}\t
# SAM Alignment RNAME
>>0 regex =^([^\t]+\t){2}\\*|[^*=]*\t
# SAM Alignment POS
>>>0 regex =^([^\t]+\t){3}[0-9]{1,9}\t
# SAM Alignment MAPQ
>>>>0 regex =^([^\t]+\t){4}[0-9]{1,3}\t
# SAM Alignment CIGAR
>>>>>0 regex =\t(\\*|([0-9]+[MIDNSHPX=])+)\t
# SAM Alignment RNEXT
>>>>>>0 regex =\t(\\*|=|[!-()+->?-~][!-~]*)\t
# SAM Alignment PNEXT
>>>>>>>0 regex =^([^\t]+\t){7}[0-9]{1,9}\t
# SAM Alignment TLEN
>>>>>>>>0 regex =\t[+-]{0,1}[0-9]{1,9}\t.*\t
# SAM Alignment SEQ
>>>>>>>>>0 regex =^([^\t]+\t){9}(\\*|[A-Za-z=.]+)\t
# SAM Alignment QUAL
>>>>>>>>>>0 regex =^([^\t]+\t){10}[!-~]+ Sequence Alignment/Map (SAM)
>>>>>>>>>>>0 regex =^[@]HD\t.*VN: \b, with header
>>>>>>>>>>>>&0 regex =[0-9.]+ \b version %s
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